MOSS のサイト ディレクトリでは、SPS 2003と比較していくつか機能が拡張されています。
そのひとつに、
・サイト ディレクトリからサブサイトを作成する際に、サイト コレクションを分けるか否か
というものがあげられます。
SPS 2003では、サイト コレクションからサイトを作成すると、自動的にサイト コレクションが分けられていました。
これは、SPS 2003/WSS 2.0では、
・SPS 2003 のポータルは、ポータル全体が一つのサイト コレクション
・SPS 2003 では、複数のポータルサイトを作成するには、IIS 仮想サイトを分ける必要がある
（WSS 2.0のように同一IIS 仮想サイト上に複数のサイト コレクションを作成することができない）
・サイト コレクションから作成可能なサイトはWSS サイト
など、仕様上仕方がないことでした。
MOSS/WSS 3.0 からは、MOSSとWSS 3.0双方での制約事項がなくなり連携機能が強化されているので、サイト コレクションについても、MOSSとWSSの境界がなくなったのでしょう。
既定では、サイト ディレクトリからサイトを作っても、同一サイト コレクション内のサブサイトとしてしか作成されませんが、設定変更を行えば、SPS 2003のときと同じようにサイト コレクションを分ける（新しいサイト コレクションを作成する）ことができます。
必要な手順は次の二つ。
（1）Self-Service Site Creationを有効にする
・「サーバーの全体管理」画面から、「アプリケーション構成の管理」画面を開いて、「アプリケーション セキュリティ」セクションにある「Self-Service Siteの管理」をクリック
・設定したいWeb アプリケーションを選択して、Self-Service Site Creationをオンに設定
（2）サイト コレクションの管理から、「サイト ディレクトリから新しいサイト コレクションを作成する」をオンに設定する
・（1）で選択したWeb アプリケーション上で稼働中の、ポータル サイトにアクセス
・トップ レベル サイトの「サイトの設定画面を表示 ・「サイト コレクションの管理」セクションにある「サイト ディレクトリの設定」をクリック
・画面一番下にある、「サイト ディレクトリから新しいサイト コレクションを作成する」をオンに設定
（2）と（1）の順番が逆になると、「サイト ディレクトリから新しいサイト コレクションを作成する」が選択不可になっているのでご注意を。
もちろん、MOSSのシステム管理者など権限のあるユーザーで操作をしている限り、「サーバーの全体管理」からサイト コレクションを作成することはできますので、一見不要な機能に感じるかも知れませんが、MOSSの各管理画面/管理者は分離されているので（マイクロソフトさんのいうところの「3 段階の管理階層」）、ポータル コンテンツを管理するユーザーは別であり管理を委任する、って考えると、自然なのでしょう。
ただ、欲を言えば、どちらか一方をサイト コレクション全体で選択するのではなくて、サブサイトを作成するのかサイト コレクションを作成するのかを都度選べる方が良いような気がします。でもこれだと混乱しちゃいますかね。
実際問題、サイト ディレクトリ（正確には、サイト ディレクトリ内のサイト リスト）ってそんなに使われていないから良いんですかね？
